Desde el punto de vista clínico, las fistulas pueden ser agudas (etapa de absceso) o crónicas (fistulas propiamente dichas). Según la localización del trayecto fistuloso en relación al esfínter anal, las fistulas pueden ser: submucosa, subcutánea, interesfinteriana, transesfinteriana, supraesfinteriana, extraesfinteriana; siendo las tres últimas las de tratamiento más difícil y complejo.

En primer lugar, un buen examen clínico ,  quien debe evaluar la presencia del orificio secundario (como un granito) en el margen anal por donde drena la secreción purulenta, algunas veces asociado a tumefacción y enrojecimiento (etapa de absceso). La anoscopia o proctoscopia para evaluar el orificio interno o descartar otra patología asociada. En algunos casos existen las fistulas “cerradas”; es decir, no se aprecia el orificio externo; éstas son de difícil diagnóstico, el especialista debe tener la alta sospecha de la misma para su diagnóstico. Por tanto, para evaluar el trayecto fistuloso es recomendable la ecografía endorrectal o resonancia magnética del piso pélvico.

De acuerdo con el criterio y experiencia del cirujano, el tratamiento puede ser:

• Fistulotomía, en la cual la piel y el músculo por encima del trayecto fistuloso se cortan convirtiéndolo en un surco abierto, y se realiza curetaje (como raspado) del lecho fistuloso.

• Fistulectomía, en la cual se extirpa todo el trayecto fistuloso; este procedimiento se asocia a menor recurrencia con cierto riesgo de incontinencia anal debido a una mayor afectación del esfínter anal en la cirugía. Sin embargo, con cirujano experimentado el riesgo de incontinencia es mínimo, pues en algunos casos se debe reparar el esfínter interno seccionado.

• Colocación de seton, generalmente se reserva para las fistulas complejas, altas o supraesfinterianas; este procedimiento consiste en dos etapas, la primera etapaconsiste en la extirpación o apertura del trayecto fistuloso desde el orificio secundario hasta el esfínter anal, a este nivel se coloca un sedal de goma en el trayecto residual rodeando el esfínter y anudando el sedal sin ajustar demasiado y sin tracción; en una segunda etapa (2 meses después) al completarse la cicatrización se procede a la sección directa del trayecto residual que en este momento afecta solo al fascículo subcutáneo del esfínter externo.

• Colocación de tapón para fistula anal (AFP), el tapón está hecho de un liofilizado de la submucosa intestinal de cerdo; está indicado para las fistulas complejas o recurrentes. Es considerado un procedimiento preservador de esfínter.

• Ligadura interesfintérica del tracto fistuloso (LIFT), consiste en la extirpación del trayecto fistuloso interesfintérico previa ligadura de los bordes proximal y distal seguido de curetaje del trayecto distal de la fistula remanente y apertura del orificio fistuloso externo para un mejor drenaje. No hay división del músculo esfinteriano y, teóricamente, la continencia debe estar preservada.